За принципом роботи водневі компресори можна класифікувати на два типи: об’ємні та динамічні, причому найбільш поширеними є об’ємні. Об’ємні компресори далі поділяються на поршневі компресори та ротаційні компресори. 1.. Поршневі компресори змінюють робочий об’єм газу шляхом зворотно-поступального руху поршня в циліндрі; Поршневі компресори мають довгу історію та розвинену технологію виробництва. 2. Роторні компресори включають лопатеві (розсувні) роторні компресори та гвинтові компресори. Більшість кондиціонерів вітчизняного виробництва використовують роторні компресори; Гвинтові компресори в основному використовуються у великому холодильному обладнанні, а також широко використовуються у великих торгових центрах та офісних будівлях.
Як і інші гази, водень можна стиснути за допомогою поршневих або відцентрових компресорів, щоб відповідати вимогам процесу. У кожному типовому застосуванні тип компресора слід визначати на основі швидкості потоку водню та необхідного тиску. Для великих і середніх-установок гідрокрекінгу поршневі компресори використовуються для нового водню, тоді як відцентрові компресори використовуються для циркуляції водню.